Aus einem Architektenwettbewerb ging das Modell des Architekten Dr. Franz Barnath siegreich hervor.
Im Herbst 1958 wurde die Grundfestung für den Kirchturm, den "Nachbarn von Fabriksschloten" ausgehoben.
Da die Arbeiter dabei auf eine ergiebige Wasserader stießen, musste diese umgeleitet und wochenlang Wasser aus der Baugrube gepumpt werden.
Am 14. Juni 1959 nahm Prälat Dr. Karl Frank in der riesigen Baugrube bei strömendem Regen die Grundsteinlegung vor; die kleine Marmortafel am Sakristeieingang erinnert daran.
Zur gleichen Zeit entstand mit der Hilfe des Bauordens das diözesane Haus in der Matthias Corvinus-Straße, in dem auch der Krankenhauspfarrer wohnen sollte.
Der vorgesehene Pfarrer Alfred Weixelberger hatte ab Herbst 1960 mit dem Baugeschehen oftmals zu tun. Dabei traf er einmal im Brunnenhof des Domes mit Robert Herfert zusammen. Der Künstler wusste nicht, dass er mit dem zukünftigen Pfarrer der neuen Kirche sprach, und meinte: "Stellen Sie sich vor, da kommt einer aus dem obersten Waldviertel herunter in eines der schwierigsten Gebiete unserer Stadt. Was wird der wohl hier anfangen?"
"Das frage ich mich auch", war die Antwort des geistlichen Gesprächspartners, "der Pfarrer aus dem obersten Waldviertel bin nämlich ich."
Was macht eine neue Pfarre, wenn es rundherum an allem fehlt, vor allem an Geld?
In der Not schlug der Pfarrer vor, die in der Glockengießerei St. Florian schon fertig gestellten 4 Glocken im hinteren Teil der Kirche aufzustellen und die Besucher zu bitten, ein Scherflein dafür beizutragen.
Am 15. Oktober 1961 erklang erstmals am Abend vom Turm das Geläut der Kirche St. Pölten - Maria Lourdes.
1961 wurden auch die hinteren Quadranten der Kirche mit Bänken versehen; seither gibt es insgesamt ca. 650 Sitzplätze in der Kirche.
Viele Spenden ermöglichten es, dass zu Weihnachten eine handgeschnitzte Krippe mit den wesentlichen Figuren die Kirche schmückte.
Eine elektrische Bankbeheizung konnte erst im November 1962 in Betrieb genommen werden.
Im April 1963 erhielt die Kirche eine Elektronenorgel, die das Pedalharmonium ablöste.
Nun ging es an die Sanierung des Areals um die Kirche. Dazu war die Diözesanfinanzkammer sofort bereit, doch sollten nur Grünflächen mit vielen Sträuchern, Rosen und Blumen angelegt werden.
"Wer wird das pflegen und bezahlen?", fragte der praktische und in die Zukunft denkende Pfarrer. Er setzte sich mit seinem Antrag durch, auch Hartplätze anzulegen, wofür ihm Autofahrer heute sicher sehr dankbar sind.
Im Februar 1964 konnte eine Lautsprecheranlage in Betrieb genommen werden.
Die Unterkirche erhielt einen Kreuzweg aus einfachen Holzkreuzen.
Am 1. Mai 1964 wurde vorerst einmal eine 1m große Marienstatue geweiht; so war die Schutzherrin der Kirche auch sichtbar eingezogen.
1966 begannen die ersten Reparaturen an der Kirche bzw. am Pfarrhof, und zwar zunächst mit der Kupferblechverkleidung der Kirchenaußentüren und der ersten Dachreparatur.
1967 wurden an den beiden Ecken des Pfarrgrundes zur Kremser Landstraße hin Schaukästen aufgestellt und damit eine Visitenkarte des pfarrlichen Lebens nach außen ermöglicht.
1968 wurde die Kanzel umgebaut und der direkte Zugang vom und zum Altar geschaffen.
Mitte Jänner hatte sich die erste Heraklithplatte von der Decke gelöst und war auf die Orgelempore herabgestürzt; bis Pfingsten folgten 6 weitere Platten von verschiedenen Stellen. Die Kirche musste daher am 2. Juli für 7 Wochen gesperrt werden. Während dieser Zeit wurden alle Heraklithplatten, die nur angeklebt gewesen waren, mit Metallbolzen an die Decke "geschossen".
Im Jahre 1969 erfolgte eine größere Turmreparatur. Im selben Jahr erhielt die Kirche eine 3,70 m hohe Marienstatue aus der Werkstatt des Südtiroler Bildhauers Johann Rifesser, die die Mitte der Apsis ziert.
1976 erfolgt die Neugestaltung des Pfarrheimes.
Die Kirchenbänke erhalten erste Beläge.
Im Jahre 1979 wird in Eigenregie von engagierten Pfarrangehörigen die Neugestaltung des Jugendzimmers und der Pfarrküche in Angriff genommen.
1981 erhält die Kirche eine Orgel aus der OÖ Orgelbauanstalt St. Florian.
Im selben Jahre konnte anlässlich des 20jährigen Bestandes der Pfarre ein Bronzegusskreuzweg in der Unterkirche angebracht und geweiht werden.
Der Viehofner Künstler Friedrich Schneider stellte der Pfarre für die 14 Bilder nur die Materialkosten in Rechnung, welche von 14 "anonymen" Familien übernommen wurden.
Ein Blitzeinschlag in den Kirchenturm verursacht im Jahre 1983 eine schwere Beschädigung der Turmuhr und macht ihre Restaurierung notwendig.
1984 erhält die Pfarre ein 4,5 m hohes Kruzifix des Lunzer Künstlers Adolf Hofmaier. Es wird in der rechten Apsisseite angebracht.
Im September 1985 wird die Innenrenovierung der Kirche in Angriff genommen.
Im Sommer des darauf folgenden Jahres lösten sich immer wieder kleine Mauer- und Ziegelteile aus dem westseitigen Zifferblatt der Turmuhr. Der Westzugang in die Kirche musste geschlossen werden. Im September 1987 begann man mit der Renovierung. Erst knapp vor Weihnachten war die beauftragte Firma damit fertig. Gleichzeitig wurde ein direkter Zugang vom Chor in das Kirchenschiff geschaffen. Im Zuge dieser Turmrenovierung wurde ein schon immer beanstandetes Versäumnis vom Baubeginn her nachgeholt: Auch die Ostseite erhielt eine Uhr. Alle Uhren bekamen neue Zifferblätter und Zeiger und das Uhrwerk wurde gründlich repariert.
Im selben Jahr wird auch die Unterkirche, die durch Russeinwirkung von Kerzen geschwärzt war, renoviert.
Im Jahr darauf wird die Turmuhranlage auf Funkeinstellung umgebaut.
Im August 1990 erhält die Kirche eine Statue des heiligen Josef, die dem Herrn Pfarrer Alfred Weixelberger anlässlich seines Abschieds am 26.8.1990 geschenkt wurde. Die Statue stammt ebenso wie das Kruzifix in der Apsis vom Lunzer Künstler Adolf Hofmaier und findet ihren Platz in der Josefkapelle.
Im gleichen Jahr wird in Eigenregie die Unterkirche ausgemalt.
1991 beginnen dringend notwendige Renovierungsarbeiten im Pfarrhof.
Einige Tannen werden neu gepflanzt.
1992 wird neben der Josefstatue eine Marmorgedenktafel für Alt-pfarrer GR Alfred Weixelberger angebracht.
Im Jahr 1993 wird der Eingangsbereich zum Pfarrhof neu hergerichtet, und beim Südportal der Kirche wird eine behindertengerechte Rampe gebaut.
Der Spatenstich für das neue Pfarr- und Jugendzentrum erfolgt am 24. April 1994, der Baubeginn fällt auf den 28. Oktober.
Während auf Hochtouren am Neubau gearbeitet wird, werden 1995 auch noch die Fenster im Altbau ausgewechselt, die Pfarrwiese wieder angelegt und gleichzeitig eine Bewässerungsanlage installiert.
1996 ist es soweit: Das neue Pfarr- und Jugendzentrum ist fertig gestellt und erfüllt alle mit Stolz und Freude.
Der Schreck ist groß, als 1997 der neue Jugendclubraum unter Wasser steht und eine Sanierung im Neubau notwendig wird.
Im selben Jahr wird mit der Renovierung der Unterkirche begonnen.
Kaum erholt vom Neubau des Pfarr- und Jugendzentrums und von den Sanierungs- und Renovierungsarbeiten, beginnt man 1999 mit der Renovierung des Altbaus.
Es folgen einige ruhigere Jahre bezüglich Bauaktivitäten.
Doch im Jahre 2002 wird durch Blitzeinschlag die elektrische Turmuhranlage zerstört und muss erneuert werden.
Außerdem reißt der Sturm eine alte Silberfichte aus, zum Glück kommt niemand zu Schaden.
Verschiedene Umstände, wie z.B. Frost und die Inlineskater, die die Stiegen vor dem Hauptportal als Sprungschanze entdeckt haben, sind ausschlaggebend dafür, dass im Jahr 2003 eine Renovierung der Stufen vor dem Hauptportal unumgänglich ist.
Auf dem Gelände rund um die Kirche werden im Jahr 2004 Tannen gepflanzt;
der Bewegungsraum für die Jugend erhält eine Akustikdecke.
Für die Unterkirche wird eine Truhenorgel angekauft.
Die Ostseite des Kirchenturmes muss 2005 saniert werden.
Aus der Rosette über dem Hauptportal lösen sich Teile, eine Sanierung bzw. Erneuerung einzelner Abschnitte der Rosette muss daher im Jahr 2006 in Angriff genommen werden.
2007 werden Sanierungsarbeiten im Innenhof notwendig.
Ein neuer Taufbrunnen aus Adneter Marmor schmückt seit 11. April 2009 die Apsis.
Am Kirchenturm lösen sich immer wieder Mauerteile, daher ist eine Generalsanierung des Turmes im Jahr 2010 fällig.
Als am 18. August 2010 nach erfolgter Renovierung die einzelnen Teile der Kirchenuhr aufgezogen werden, löst sich der Knoten im Seil und die Viertelstundenteile stürzen ab. Sie sind kaputt und müssen neu angefertigt werden.
Verletzt wurde zum Glück niemand.
Im Zuge der 50Jahr-Feiern beginnen noch im November 2010 die ersten Arbeiten für die Neugestaltung des Vorplatzes.